Pragniemy, aby ich dzieci wzrastały w wartościach wyniesionych z domu, stąd ważną cechą szkoły jest jej chrześcijańska tożsamość. Szkoły Fregata promują wychowanie w wierze, zgodne z nauką Kościoła Katolickiego. Nie są to jednak szkoły katolickie w rozumieniu prawa kanonicznego, ponieważ nie prowadzi ich żadna instytucja Kościoła, lecz stowarzyszenie, działające na podstawie prawa państwowego. Inspirujemy się nauką św. Josemarię Escrivá, założyciela Opus Dei, którego Św. Jan Paweł II kanonizował 6 października 2002r.
